本校「健康創新中心」，以微菌叢(Microbiota)相關疾病為研究核心，特別針對消化系癌症、代謝症候群、兒童罕見代謝異常疾病、等疾病，以發展個人化的精準健康(Precision Health)為核心，結合微菌叢、基因體、多體學、表型組學、環境因素、穿戴裝置數據等相關研究，發展個人化的疾病預測模式及介入策略。
「健康創新中心」設立旨為建置國際級健康創新中心，連結產官學研轉譯加值應用，促進健康創新研究成果在臨床轉譯以及生醫科技的應用發展。研究團隊運作上分為微菌叢、大數據及多體學、智慧健康照護等三組研究團隊，分別以基礎研究、臨床研究、族群研究等不同的面向，建構疾病預測及防治方法，再進行健康照護場域的實務轉譯研究，以具體有效促進研究成果之落地應用。
健康創新中心的推動重點：
(一)、研究微菌叢對於消化系癌症、代謝症候群、罕見代謝異常疾病之角色，以及其致病機轉，並發展以微菌叢為核心的生物標記及介入策略。
(二)、以微菌叢為核心，研究上述疾病及其亞健康族群之多體學及表型組學，並建立其數位分身，以進行疾病預測及疾病預防。
(三)、以上述研究來發展精準健康的產、學、研之研發生態鏈，拓展從基礎到臨床、實驗室到病房照護、醫院到社區的產學創新研發價值。
健康創新中心的推動策略：
(一)、團隊及資源整合：本中心將整合本中心成員近兩年所創設之相關博士學程培育計畫，以及既有之整合型國家計畫相關研究資源，以建構跨領域研究團隊，並積極培育人才。
(二)、產學合作及環境創造：本中心將建構與產業密切合作之環境，以開發相關生物標記、介入策略、疾病預防及預測模式、並具體進行場域應用。
(三)、深化國際合作：本中心將深化與國際頂尖研究機構既有之合作關係，共同培育人才、共組研究團隊、共同承接大型研究計畫，讓本中心成為亞太研究重鎮。